مهم‌ترین معضلات و مشکلات ناشی از افزایش جمعیت سگ‌های ولگرد، شیوع بیماری‌های قابل انتقال بین حیوان و انسان، افزایش آن در جمعیت دامی و انسان و انتقال بسیاری از بیماری‌ها از سگ به انسان است که از جمله مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به بیماری‌هایی نظیر هاری، کیست هیداتیک، سالک، کالاآزار، لاروهای مهاجر احشایی بروسلوز و لپتوسپیروز اشاره کرد که بر ضرورت اجرای دستورالعمل کنترل جمعیت سگ‌های ولگرد بیش از پیش تاکید می‌کند.