مظاهری، استقلال بانک مرکزی را یکی از اصلاحات مهم نظام بانکی کشور عنوان کرد. طبق گفته رئیس سابق بانک مرکزی، با همه اصلاحاتی که در لوایح جدید صورت گرفته، اما همچنان کاستی‌هایی در مورد تبیین استقلال بانک مرکزی مشاهده می‌شود. این نقص اول لوایح دوقلو خوانده شد. او معتقد است بحث استقلال بانک مرکزی که به دفعات تکرار شده، هنوز قوام پیدا نکرده است. مظاهری در این مورد گفت: «در لایحه دوقلویی که دولت در تدارک آن است، حداقل در پیش‌نویس‌هایی که دیده شده، هیچ اشاره‌ای به بحث استقلال بانک مرکزی نشده است.»