هوشمندسازی نظام مالیاتی که طبق گفته وزیر اقتصاد اهرمی برای تحقق اقتصاد هوشمند است، جزو یکی از برنامه‌های مهم این سازمان قرار گرفته و تاکنون اقداماتی همچون صدور الکترونیک گواهی مالیات بر نقل‌وانتقال املاک، ابلاغ الکترونیکی اوراق مالیاتی، راه‌اندازی سامانه ثبت الکترونیکی شکایت مودیان به شورای عالی مالیاتی در این زمینه صورت گرفته است.